A comienzos de los años 1960, los Nationals pasaban por un mal momento. Syracuse era una de las últimas ciudades de tamaño medio, pero resultaba muy pequeña para que un equipo profesional sea rentable. El empresario papelero Irv Kosloff compró los Nationals a Danny Biasone y mudó el equipo a Philadelphia en 1963. La NBA, entonces, retornaba a Philadelphia un año después de que los Warriors se mudaran a San Francisco. Se llevó a cabo un concurso para decidir que nombre llevaría el equipo, el ganador fue Walt Stahlberg, quien propuso el nombre de "76ers," en conmemoración de la firma de la declaración de independencia llevada a cabo en Philadelphia en 1776. El nombre fue rápidamente acortado a "Sixers" por los medios, y pronto ambos nombres se usaron indistintamente para referirse al equipo.

Wilt Chamberlain lideró a los 76ers a su primer campeonato.Durante los primeros cuatro años en Philadelphia, los Sixers jugaron en el Arena and Civic Center-Convention Hall, salvo un ocasional partido en The Palestra perteneciente a la Universidad de Pensilvania. En la temporada 1964-65, contrataron al legendario Wilt Chamberlain procedente de los Warriors. Los Sixers debían definir las Finales de Conferencia en el séptimo partido de la serie frente a Boston Celtics en la cual fueron derrotados 110–108.

Caída y renacimiento de los 76ers

En la temporada 1967-68, con un nuevo pabellón, The Spectrum, el equipo se preparaba a defender su título de campeón. Alcanzaron nuevamente la postemporada, llegando a las Finales de Conferencia donde se enfrentaban otra vez a los Celtics. Después de los primeros cuatro partidos llevaban la delantera por 3-1, pero el partido egoísta desplegado por los Sixers fue su ruina, con los Celtics remontando la serie para vencer en siete encuentros. Al final de la temporada, los 76ers enviaron a Chamberlain a Los Angeles Lakers a cambio de tres jugadores de perfil bajo. El cambio fue uno de los más desparejos de la historia, y el equipo entró en caída libre.

En las próximas tres temporadas los Sixers no lograron pasar la segunda ronda de los playoffs; en los 1969 cayeron de nuevo ante los Celtics, esta vez en cinco partidos, siendo además Milwaukee Bucks y Baltimore Bullets sus verdugos en las dos siguientes postemporadas. En 1971-72, a solo cinco años de haber logrado el campeonato, finalizaron con un récord de 30–52 y no llegaron a la postemporada por primera vez en la historia de la franquicia.

La peor temporada fue la de 1972-73. Comenzaron perdiendo los primeros 15 partidos de la temporada, y unos pocos meses después fijaron lo que fue en esa época un récord de 20 derrotas seguidas en una sola temporada. Luego de las 20 derrotas tenían un récord de 4–58, y en ese momento llevaban perdidos 34 de los últimos 35 partidos. Finalizaron la temporada con solo 9 victorias en 82 partidos, por lo que la prensa de Philadelphia los apodó Nine and 73-ers (haciendo referencia a las 9 victorias y 73 derrotas obtenidas). Terminaron ese año con 59 partidos ganados menos que el campeón de la división, los Celtics. Las 9 victorias logradas por el equipo de 1972-73 es la segunda cantidad más baja en la historia de la NBA, solo superada por los seis partidos obtenidos por Providence Steamrollers en la corta temporada 1947-48. Las 73 derrotas, sin embargo, constituyen la mayor cantidad sufrida por una franquicia en una sola temporada. Como dato curioso cabe destacar que solo 6 años antes los 76ers habían fijado el récord de mayores victorias en una sola temporada.

Al año siguiente, Gene Shue sería contratado como entrenador y lentamente irían recuperando nivel. En la temporada 1975-76, los Sixers contrataron a George McGinnis procedente del equipo de la ABA Indiana Pacers y con él lograrían alcanzar los playoffs tras 5 años de ausencia en el cual perdieron frente a Buffalo Braves en tres partidos.

La histórica temporada 1982-83

Harold Katz le compró los 76ers a Dixon en 1982. Según su mirada, la última pieza del rompecabezas para lograr el campeonato de 1982-83 fue la contratación del pívot Moses Malone de Houston Rockets. Liderados por el integrante del Salón de la Fama Julius Erving y jugadores de la talla de Maurice Cheeks, Andrew Toney, y Bobby Jones dominaron la temporada regular, ganando 65 partidos, siendo todavía la segunda temporada con mayores victorias en la historia de la franquicia. Malone fue nombrado jugador más valioso. Cuando los reporteros le preguntaron que pasaría en los playoffs, él contestó, four, four, four (cuatro, cuatro, cuatro), en otras palabras, prediciendo que los Sixers barrerían las 3 series en 4 partidos, con el mínimo posible de 12 partidos en total.

A pesar de que las series no fueron como Malone había predicho, no les tomó mucho trabajo pasar a las Finales de la NBA venciendo a New York Knicks en 4 partidos primero y a Milwaukee Bucks después, en 5 encuentros. Los Sixers ganarían su tercer campeonato (el segundo en Philadelphia) en 4 partidos frente a Los Angeles Lakers, quienes los habían vencido en la temporada anterior. Malone fue nombrado jugador más valioso de los playoffs. Su récord de 12–1 es el segundo mejor en la historia de la liga solo superado por el logrado por los Lakers en 2000-2001 de 15–1 en el camino para conseguir el campeonato, curiosamente venciendo a los Sixers en las Finales.

"La Época Oscura"

Lynam dejó su posición de entrenador para convertirse en general manager en el transcurso la temporada 1991-92, y contrató a Doug Moe para cubrir el puesto vacante. Moe dirigiría sólo 56 partidos, con un récord negativo de 19–37. El popular ex jugador y por mucho tiempo entrenador asistente, Fred Carter sucedió a Moe en el cargo a partir de marzo de 1993, pero no logro más que un pobre récord de 32–76. Para la temporada 1993-94, John Lucas fue contratado con el doble rol de entrenador y general manager. Lucas había tenido años exitosos como entrenador de San Antonio Spurs, y Philadelphia esperaba que pudiera devolver el buen juego a los 76ers. Sin embargo, sucedió todo lo contrario, ya que el equipo tuvo un récord de 42–122 en las dos temporadas bajo el mando de Lucas. La contratación de jugadores poco productivos como Scott Williams y Charles Shackleford, jugadores al final de sus carreras como LaSalle Thompson, Orlando Woolridge, y Scott Skiles junto con unos decepcionantes novatos elegidos en las primeras rondas del draft como Shawn Bradley y Sharone Wright fueron factores importantes en la mala situación del equipo. De hecho, Wright jugó solamente en 4 temporadas de la NBA mientras que Eddie Jones, elegido en el draft 4 puestos debajo de Wright en 1994 por los L.A. Lakers está en su 14ª temporada siendo un jugador importante para su equipo.

Comenzando en 1990-91 y finalizando en 1995-96, los 76ers tuvieron la poco agraciada distinción de haber tenido un récord peor al anterior cada año. El peor momento fue en 1995-96, cuando terminaron 18–64, el segundo peor balance en la historia de la franquicia. Fue además el segundo peor en la liga ese año, superando sólo a Vancouver Grizzlies e incluso superado por los debutantes Toronto Raptors. Katz, quién no era querido por los aficionados desde los traspasos de 1986, vendió la franquicia a un consorcio liderado por el dueño de los Philadelphia Flyers, Ed Snider y la corporación Comcast a finales de esa temporada, con Pat Croce, quién había sido preparador tanto de los Flyers como los Sixers, tomando el rol de presidente.

Muchos seguidores de los 76ers denominaron a estos años como "La Época Oscura". Sin embargo, después de muchos años de poca fortuna, hubo una luz de esperanza. El equipo ganó la primera elección en el Draft de la NBA de 1996. En esa ocasión los Sixers elegirían a Allen Iverson.

Una nueva era

El martes 19 de diciembre Allen Iverson, junto con Ivan McFarlin, fueron enviados a Denver Nuggets a cambio de Andre Miller, Joe Smith, y dos elecciones de primera ronda en el draft.

El 11 de enero de 2007, el gerente general de los Sixers Billy King anunció que el equipo y el experimentado pívot Chris Webber habían llegado a un acuerdo por lo que quedaba de contrato. Los Sixers le pagarían a Webber 36 millones de dólares durante la siguiente temporada y media, que representa 7 millones menos de lo que le hubieran pagado por jugar. Luego del acuerdo, los Sixers dejaron a Webber como agente libre. El jugador firmó poco tiempo después con Detroit Pistons.

En el medio de estos cambios, los 76ers se enfocaron hacia sus jugadores jóvenes, quienes deberán ahora tomar mayor responsabilidad para lograr el éxito del equipo. Las figuras en ascenso Iguodala, Kyle Korver, y Samuel Dalembert se hicieron con las riendas del equipo. En el Draft de 2007, los Sixers eligieron a Thaddeus Young del Instituto Tecnológico de Georgia con el 12º puesto, y tras una serie de operaciones con Miami Heat y Portland Trail Blazers se quedaron finalmente con el jugador de Utah Jazz Herbert Hill.